[公告]小考作答方式的提示

為了讓各位小朋友不要寫一些讓老師眼睛瞎掉腦漿流出來的東西, 在此建議各位同學作答的格式如下:

• 姓名: 金隨曉
  
• 題目: (老師會在考卷上打好)
• 科學引用來源: (以下是建議格式, 中文在前, 英文在後, 各自依年代排列)

Zhuang, R. 2008. Why is our biology course so nasty? Nature 78: 7788-7878. (期刊論文格式)
姓在前, 名縮寫, 期刊需列出卷期和頁數
邱X全. 2008. 我先去上個廁所. 白目出版社, 高雄. (書籍格式)
洪制X. 2008. 第一章 - 好啦好啦. X定工(編輯), 普生要怎麼樣才會過. 白目出版社, 高雄 (書中的一個章節)
Clack, J.A. 1997. Definition of Tetrapoda. Tree of Life Web Project. URL: http://tolweb.org/notes/?note_id=501. Visited on May 20, 2008. (具有明確作者的網頁資訊, 請勿引用Wikipedia)

• 答題內文: (請有條理地作答)
  
• 相關附圖: (若有必要繪圖說明, 請對所繪的圖編號, 格式為圖1, 圖2, 若圖內有小圖, 則其格式為圖1-A, 圖2-A, 並請在答題內文中標示該段文字與那些繪圖有關)
  

[仙女下凡來解答]第一題看沒有

[許小妹來信]

老師上次寫信問你第一題題目的意思，你說要比較任兩種tetrapoda(四足類動物) 之 sistergroup的假說中對於一些重要特徵的演化趨勢與解讀方向上的差異..另外在blog上回應的是比較四足類起源的"不同假說的差異，以及不同的假說對於某些特徵演化解讀的影響...這兩個題目表示的意思好像不太一樣，所以我不知道要往哪個方向找資料，可以請你再說一次嗎?

[解說]

• 首先要弄清楚什麼是tetrapoda (英文是tetrapod), 因為新化石不斷地出現, 因此對於tetrapoda這個名詞可以涵擴的生物類群就會有所不同, 若有新的物種被置入tetrapoda, 那麼就有可能改變原本科學家對於tetrapoda所共同具有的特徵(synapomorphy)以及特徵演化的看法, 舉例來說, 去認為人科動物的現生物種只有現代智人, 但當人科的定義延伸擴及黑猩猩的時後, 人科的synapomorphy就會有所調整. 過去有些被認為是人類獨有的特徵(autapomorphy)可能在黑猩猩也被發現, 因此那些特徵就會從人的autapomorphy成為人+黑猩猩的synapormophy. 也就是說, 要先釐清所謂的tetrapoda在不同的演化假說下是否有著不同的涵蓋範圍? 而不同的涵蓋範圍是否意味著不同的假說下, 支持tetrapoda為一個單系群(monophyletic group)的特徵是不同的?
  
• 當你找到某個假說明確告訴你, 什麼是tetrapoda之後, 你便開始觀察這個假說認為tetrapoda的姐妹群是何者? hypothesis 1倡議Y是(A+(B+(C+D)))的姐妹群, 而hypothesis 2認為X才是(A+(B+(C+D)))的姐妹群. 因為假說不同, 因此支持Y與ABCD, 或X與ABCD的特徵分布就會不同. 以hypothesis 1來說, 黃色特徵成為Y與ABCD的synapormophy (也就是說這個特徵在演化史上只起源一次), 但在hypothesis 2中, 黃色特徵在Y與ABCD就變成趨同演化(convergent evolution)了.
• 我們只討論tetrapoda的起源(也就是tetrapoda的姐妹群是誰)的不同假說, 在特徵演化推測方面的差異, 尤其是與進入陸地之前的前適應(pre-adaptation)有關的特徵 (如視覺色素, 前後肢骨隔, 呼吸系統, 血球, 等等等)演化趨勢, 都應該可能隨著假說不同而改變
• 作答的重點是: 提出兩個假說的文獻來源, 假說的異同 (記得要把樹簡單畫出), 若你已設定要討論某一些特徵的演化趨勢, 那麼就要把這些特徵是否在某假說下是趨同演化, 或是同源演化(也就是單次起源)標識清楚
• 另外, 有些假說的內群(如ABCD)內部關係可能有所差異 (如下圖), 但內群的內容(都是ABCD)是一樣的, 這就不是我們要尋找的重點, 因為我們要討論的是tetrapoda的起源, 而不是tetrapoda內部的關係 (如鳥接近鱗龍類, 或鱷類)

[公告]普生成績的計算方式

普生成績分為

小考(四次)(45%), 報告(三次)(45%), 課程參與(10%)三大部份, 計分方式如下:

小考成績內四次小考所佔比例為: 10%, 30%, 30%, 30% (體諒第一次鳥掉的同學)
三次報告佔報告成績比例分別為: 20%, 40%, 40%
課程參與: 指問問題以及上下課與老師的溝通

另外還有特別加分部份

各位可以算算目前已經得幾分了

[仙女下凡來解答]第一題是怎樣啊

[吳小弟的來信]: 老師請問一下, 根據附件的圖, 課本說Amphiba是最早的四足類，所以我們所要探討的姊妹群指的是Dipnoi(lungfish)嗎?
[答]: 不是, 我們的問題是比較四足類起源的"不同假說". 四足類的起源假說並不只有課本上的這個, 因次請各位同學查查還有什麼其它有別於這個假說, 並比較兩個假說的差異, 以及不同的假說對於某些特徵演化解讀的影響

[仙女下凡來解答]什麼是姐妹群啊

老師,

Q1. 姐妹群的意思是指那些由同一個ancestor演化出來的taxa?

Fig 1:

Q2. 是不是演化樹上每個branch的交點都代表有一個ancestor?
Q3. 這些演化樹是在描述物種之間的親綠關係? 如果是，那Cichlid是跟Frog還是Lamprey的親綠關係比較接近?
Q4. Lamprey的姐妹群是 (Cichild + Frog + Turtle + Kangaroo + Mouse + Human)? 但Human的姐妹群只有Mouse嗎?..=-=!...

Fig 2:

Q5. 在演化樹上, B演化成taxon 1和C. 那有可能只是某些B演化C, taxon 1是沒有演化的B?
Q6. ingrop 和outgroup是怎麼定義? 要有甚麼條件, 才可以把一些taxa歸類為同一group?

解答:

1. 不, 姐妹群是指衍生自最近共祖(common ancestor)的兩個分類群, 以Fig.1來說Human是Mouse的姐妹群, Human+Mouse是Kangaroo的姐妹群, ((Human+Mouse)+Kangaroo)是Turtle的姐妹群, 這樣有瞭嗎?
2. 不, 應該是每一個branch代表的才是一個共組系 (common ancestry)
3. 不, 和Cichlid最近的是(Frog + (Turtle + (Kangaroo + (Human + Mouse))))
4. 是的
5. 有可能的, 之前上課說過的, 如果對於物種觀(species concept)中物種定義的解讀是如此圖所示的(a), 那麼表示在這樣的概念下, Taxon 1是由B種演化來的新種, 而B種會繼續存在(而不會就變成C種).
   
6. Ougroup與ingroup是操作親緣關係分析(phylogenetic analysis)使用的術語. 我們打算分析其親緣關係的類群即是內群(例如我們想要分析所有品種的狗是否是單一馴化, 或是分別在各大陸由不同民族所馴化, 那麼所有品種的狗就是內群). 外群outgroup在理論上是與ingroup關係最近的姐妹群. 因此就狗的這個命題來說, 外群的選擇就應該是各種狼. 設置外群的目的是要置根(rooting), 以決定特徵演化的方向, 如果分析結果顯示內群是一個單系群(也就是所有的狗的品種並未與狼混在一起), 那麼就比較可能佐證所謂的狗是人類歷史上一次馴化產生的產物. 如果分析結果顯示狗與狼的關係混在一起, 那麼這樣的結果便說明所謂的狗其實是各地的狼在不同的時間被不同的民族所馴化出來的產物. 然而在真實世界中, 我們常常不知道我們有興趣的生物類群(ingroup)的最近緣姐妹群是誰(如龜), 因此在分析上會使用大量的外群提高找到最近外群的可能性.
   

[公告]生物競試的題型

通通是單選題, 英文出題, 請各位要參加的同學拼了, 請留意考試時間地點以及系上的海報通知

[公告]第三次小考題目

時間: 5/21早上8:30
題目: (三擇一)

1. 請比較有關四足類動物(tetrapoda)的起源與其姐妹群的任兩種假說. 請說明其提出年代, 作者, 文獻來源, 假說異同, 以及不同的假說對於四足類形態與生理(如呼吸, 循環, 視覺, 聽覺, 生殖等等)演化趨勢推測的差別.
2. 請說明: (1) 頭部專化(cephalization), (2) 兩側對稱(symmatry), (3) 具有羊膜, 以及(4) 蛻皮(moulting or ecdysis)在具有這些特質的後生動物(metazoa)演化上的意義. 對於每一個演化事件意義的說明請至少引用三篇科學論文的觀點佐證.
3. 請引用一個非課本上例子的實驗說明Homeobox genes在調控生物體制發育上的重要性. 請簡述該研究的假說與欲回答的問題, 實驗設計, 與結果.

作答前請打草稿, 規劃一下應如何完整地回答一個問題. 不要拿一堆網路上印來的東西沒腦地亂抄, 照抄網路上的答案一律零分計, 若發現有兩人抄一模一樣的網路資料兩人皆視為零分計算.